Les unités de recherche sont des unités mixtes avec l'Université de Strasbourg et le Cemagref. Développant des thématiques parfois plus larges autour de compétences disciplinaires, elles sont constituées d'équipes dont certaines sont plus étroitement  liées aux formations de l'Ecole, sur l'hydraulique urbaine et le traitement des eaux (IMFS-HU),  les eaux de surface et l'aménagement de l'espace (LHYGES), les aspects socio-économiques de la gestion de l'eau (GESTE).

Les unités de recherche sont évaluées par l'AERES (Agence d'Evaluation de la Recherche et de l'Enseignement Supérieur).