Le conseil scientifique de l'école propose au conseil d'administration les orientations à donner aux activités de recherche conduites dans l'établissement ou avec sa participation. Il est consulté sur la répartition des crédits budgétaires de recherche, sur les caractéristiques des emplois d'enseignants-chercheurs et de chercheurs, sur la création ou la transformation d'unités de recherche et sur le projet d'établissement pour les domaines relevant de sa compétence. Il évalue périodiquement les activités et les résultats de la recherche.
Le conseil est constitué de membres élus et de membres nommés. Il se réunit deux fois par an. Son président est Olivier Potier, professeur à l'Université de Lorraine.