Les UMR de l'école participent à différentes structures d'excellence du site universitaire alsacien. Citons en particulier l'Institut Thématique Interdisciplinaire « Géosciences pour la Transition Energétique » (ITI G-Eau-TE), auquel participent ITES et ICube, et la Fédération de Recherche en Environnement et Durabilité (FERED) à laquelle participent les quatre UMR.
Les unités de recherche sont des unités mixtes avec l'Université de Strasbourg et le CNRS ou l'INRAE (anciennement IRSTEA). Développant des thématiques parfois plus larges autour de compétences disciplinaires, elles sont constituées d'équipes dont certaines sont plus étroitement liées aux formations de l'Ecole, sur l'hydraulique urbaine et le traitement des eaux (ICube-MecaFlu), les eaux de surface et souterraines (ITES), les aspects socio-économiques de la gestion de l'eau (SAGE). Depuis le 1er septembre 2013, des personnels de l'école sont accueillis au sein du laboratoire Image, Ville et Environnement (LIVE) et constituent avec des personnels de l'université un collectif de recherche sur la restauration des milieux aquatiques.
Les unités de recherche sont évaluées par l'Hcéres (Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur). Une évaluation a eu lieu l'année 2017. Geste a été évalué en 2018, de façon exceptionnelle. La prochaine évaluation a été repoussée à 2023.
L'UMR Geste a rejoint l'UMR SAGE au 1er janvier 2024.
Institut Terre et Environnement de Strasbourg
ITES (UNISTRA, CNRS , ENGEES)
Laboratoire des sciences de l'Ingénieur, de l'Informatique et de l'Imagerie
ICube (UNISTRA, CNRS, ENGEES, INSA)
Laboratoire Sociétés, Acteurs, Gouvernement en Europe
SAGE (Unistra, ENGEES, INRAE, UHA, CNRS)
Laboratoire Image Ville Environnement
LIVE (UNISTRA, CNRS, ENGEES)