L'ENGEES ne délivre pas de diplômes de doctorat, mais accueille des doctorants dans ses unités de recherche, généralement inscrits à l'Université de Strasbourg.
Cet accueil s'adresse à des étudiants d'origines diverses, souhaitant faire un doctorat dans les thèmatiques développées à l'ENGEES, qu'ils soient ou non ingénieurs diplômés de l'ENGEES. Tout étudiant intéressé doit contacter un enseignant-chercheur qui puisse assurer son encadrement, sous réserve d'un financement.
Les élèves de l'école intéressé·es par une poursuite en thèse dans les domaines de l'ingénierie pourront également trouver des informations sur le site du REDOC.