La deuxième année de la formation ingénieur·e·s permet aux étudiant·e·s d'approfondir les notions de traitement d’eau de consommation et d’eaux usées (conception et dimensionnement d'installations), de réseaux d’eaux usées et d’eau potable (conception avancée et diagnostic via la modélisation) et introduit les bases du génie civil.
Le second semestre de troisiéme année est découpé en deux phases :
- Des UE de pré-spécialisation aux choix permettant de développer des compétences liées soit à la gestion de l’eau et des déchets en milieux urbains soit à la gestion des milieux naturels,
- Un stage de trois mois (SPI) pouvant être remplacé par des unités d’enseignements du semestre Génie de l’eau et de l'environnement de niveau 1 (S6).
En plus des compétences liées aux sciences de l’ingénieur, des modules permettant d’acquérir des compétences transversales (soft skills).